Dal 2021 Università e Ministero della Cultura operano nel porto romano sommerso di Puteoli, il maggior scalo commerciale marittimo del Mediterraneo romano repubblicano e alto-imperiale.
Dal 2025, in Convenzione con l'Università della Campania e grazie al prezioso supporto dell'American Institute for Roman Culture (ECL Grant 2025 - Ancient Rome Live), l'Istituto opera sul sito nella ricerca e nella documentazione archeologica sommersa di banchine, moli, granai.